Dari 48 partai tersebut hanya 21 partai yang mendapatkan kursi di DPR dan PDI-P keluar sebagai pemenang mayoritas suara. Sementara, Abdurrahman Wahid (Gusdur) dan Megawati Soekarnoputri dipilih juga ditetapkan MPR RI sebagai Presiden dan Wakil Presiden.
Setelah Gusdur mundur, Megawati Soekarnoputri diangkat menjadi presiden dengan wakilnya Hamzah Haz berdasarkan Sidang Istimewa MPR RI, 23 Juli 2001, melalui Ketetapan MPR RI No. II/MPR/2001.
5. Pemilu Tahun 2004
Dalam pemilu 2004 Presiden dan Wakil Presiden dapat dipilih langsung oleh rakyat lantaran terjadi perubahan amandemen UUD 1945. Terdapat dua macam pemilihan umum di periode 2004, yang pertama untuk memilih anggota parlemen dan yang kedua melakukan pemilihan presiden.
Selain itu, pemilu periode 2004, dilaksanakan dua putaran. Putaran pertama pada 5 Juli 2004 dan putaran kedua pada 20 September 2004. Hasilnya, pasangan Susilo Bambang Yudhoyono (SBY) dan Jusuf Kalla terpilih sebagai Presiden dan Wakil Presiden RI periode 2004 – 2009.
6. Pemilu Tahun 2009
Pemilu tahun 2009 dilaksanakan pada 8 Juli untuk memilih Presiden dan Wakil Presiden, sedangkan pemilu anggota DPR, DPD, dan DPRD dilaksanakan pada 9 April 2009.
SBY kembali terpilih sebagai Presiden dengan Wakil Presiden Boediono untuk periode 2009 – 2014.
7. Pemilu Tahun 2014
Pada pemilihan umum tahun 2014, pelaksanaannya tidak berbeda jauh dari tahun sebelumnya. Pemilu anggota DPR, DPD dan DPRD tahun 2014 diselenggarakan pada 9 April (dalam negeri) dan 30 Maret sampai 6 April 2014 (luar negeri).
