Namun pengabdian para dokter lulusan Sekolah Dokter Djawa dimasyarakat ini sempat mendapat penolakan dari beberapa dokter Belanda. Sehingga sejak 1864 pemerintah kolonial mencabut wewenang praktek dokter mereka dan kembali mempekerjakan sebagai mantri cacar.
Perubahan besar terjadi pada 1875 sebab lama pendidikan ditingkatkan menjadi 7 tahun (2 tahun masa persiapan, 5 tahun pendidikan medis) termasuk pendidikan bahasa Belanda yang dijadikan sebagai bahasa pengantar, dengan jumlah murid sebanyak 100 orang.
Aktifitas pendidikan dan asrama Sekolah Dokter Jawa yang berlangsung setiap hari dinilai mengganggu kenyamanan rumah sakit, karena itulah dewan pengajar memutuskan untuk memindahkannya. Setelah lebih dari 20 tahun, akhirnya berdiri gedung baru yang merupakan sekolah pendidikan kedokteran bernama STOVIA (School tot Opleiding voor Indische Artsen) atas usulan Dr. Hermanus Frederik Roll pada 1899.
Pembangunan gedung baru itu tepat disamping rumah sakit militer Weltevreden. Kegiatan pembangunan gedung dikisahkan sempat terhenti karena kendala kurangnya biaya. Alasan itulah yang mebuat Dokter H.F. Rool selaku Direktur Sekolah Dokter Djawa berjuang keras mengumpulkan dana untuk membiayai pembangunan gedung tersebut.
Namun akhirnya ia mendapat bantuan dari 3 orang pengusaha Belanda dari perusahaan Deli Maatschappij yaitu, Peter Wilhelm Janssen, Jacob Nienhuys dan Hendrik Cornelis van den Honert. Berkat bantuan mereka lah, pembangunan gedung dan asrama pelajar kedokteran dapat diselesaikan pada September 1901. (*)
